Durante todo o ano o Governo dos Açores, através da Secretaria Regional do Ambiente e do Mar (SRAM) intervém na Lagoa das Furnas num trabalho de remoção do excesso de macrófitos e de limpeza do leito e margens da lagoa, com o objectivo de contribuir para a melhoria da qualidade da água.

Nesta altura do ano, e atendendo ao desenvolvimento que a vegetação aquática apresenta, este tipo de trabalhos é reforçado em algumas lagoas da Região, incluindo na Lagoa das Furnas.
 
O recente “bloom” de microalgas registado reforçou a necessidade desta intervenção, uma vez que grande parte da massa algal morta ficou acumulada nas margens, na zona de maior concentração da vegetação (nos macrófitos).