Nos Açores existem duas espécies de morcegos confirmadas, o Morcego dos Açores (Nyctalus azoreum), endémico dos Açores e o Morcego da Madeira (Pipistrellus maderensis), endémico da Macaronésia.

Todas as espécies de morcegos estão protegidas por lei: pela Convenção de Berna, Diretiva Habitats, Convenção de Bona e EUROBATS.

Também os abrigos de morcegos e outros locais de dependência estão protegidos pela Diretiva Habitats.

As espécies existentes nos Açores estão igualmente protegidas pelo Decreto Legislativo Regional n.º 15/2012/A, que estabelece o regime jurídico para a conservação da natureza e da Biodiversidade.

Com o intuito de assegurar a monitorização e a atualização dos conhecimentos sobre o estatuto dessas espécies na Região, a Direção Regional do Ambiente iniciou em 2012 a realização de Censos de morcegos, que são realizados anualmente em todas as ilhas.