Ana Paula Pereira Marques nasceu na Chamusca, Distrito de Santarém, a 1 de Junho de 1962. É casada.
Completou o ensino secundário no Liceu Nacional Sá da Bandeira, em Santarém, e licenciou-se em História e Ciências Sociais, em 1988, na Universidade dos Açores. É professora do quadro de nomeação definitiva da Escola Secundária Domingos Rebelo, em Ponta Delgada.
Foi coordenadora do Centro Regional de Apoio ao Artesanato da Secretaria Regional da Economia, no mandato do VII Governo Regional. Em 2000 foi eleita deputada ao parlamento açoriano pelo Partido Socialista, pelo círculo de São Miguel. Desempenhou funções parlamentares entre 7 de Novembro de 2000 e 31 de Agosto de 2001, data em que passou a integrar, como vogal, a Administração do Instituto de Acção social.
Foi bolseira do Centro Nacional de Cultura, no Curso de Património Histórico-Artístico Natural e Etnográfico, e bolseira do programa Comenius, num projecto intitulado "A Poluição do ambiente e as Consequências da nossa Herança Cultural".
No IX Governo dos Açores desempenhou o cargo de secretária do Ambiente e do Mar.