Instalações:
O MAH tem a sua sede no Convento de S. Francisco desde 1969, um imóvel típico da arquitetura conventual portuguesa do século XVII, restaurado e inaugurado em setembro de 1997.
Outros edifícios e núcleos:
Ermida da Boa Nova, Angra do Heroísmo
Ermida do Espírito Santo, Angra do Heroísmo
Império da Rua de S. Pedro, Angra do Heroísmo
Edifício fabril da Canada de Belém
Bateria Antiaérea da 2.ª Guerra Mundial – Monte Brasil
Forte de Santa Catarina, Cabo da Praia
Forte de S. Pedro, Biscoitos
Centro de Documentação (acesso condicionado a estudantes e investigadores)