Logo após a descoberta, ou redescoberta, dos Açores em 1427 por Diogo de Silves, iniciaram-se profundas alterações sobre o coberto vegetal original.
O historiador, sacerdote e humanista açoriano Gaspar Frutuoso (1522-1591), reconhecido como um verdadeiro cronista insulano, na sua obra “Saudades da Terra” descreve, pela primeira vez, as formações vegetais existentes nas ilhas na altura da sua descoberta.
Segundo este historiador nas ilhas encontravam-se lugares cobertos de “alto e espesso arvoredo”, bem como de “mato”, de “escalvado”, de “malvais” e de “ muito braceo e cubres”.
Contudo, verifica-se que a descrição não é igual para todas as ilhas. O Pico, por exemplo é descrito do seguinte modo: “Há por toda esta ilha em redondo muita e grossa madeira de cedro, sanguinho, ginja, pau branco, faias, louros e sobre, toda a madeira de teixo, somente no Pico, …”. “Tem muito arvoredo: Cedro, pau branco, louro, faia, tamujo, urzes tão grandes como árvores, sanguinhos, zimbro e folhado.” 
Com o descobrimento das ilhas inicia-se o processo de perturbação e alteração do meio natural através, numa primeira fase e antes do povoamento, da introdução de gado em pastoreio selvagem de forma a avaliar a sua habitabilidade.
Com a necessidade crescente das pessoas darem resposta às suas necessidades básicas de sobrevivência, inicialmente, muitas áreas foram transformadas em povoados e campos agrícolas. Muitas populações de espécies de plantas foram essencialmente exploradas para diversos fins como por exemplo: construção (de habitações, de mobiliário, de utensílios domésticos, de alfaias agrícolas e de barcos); combustível para uso doméstico; arte sacra; medicinais e de iluminação; tinturaria e curtimento de couros.
Com o desenvolvimento das ilhas o arquipélago esteve sujeito a diversos ciclos económicos e agrícolas, de que se destacam o do pastel e urzela, o do trigo, o da laranja e o da vinha.
A produção pecuária, último ciclo ainda não concluído, levou à criação de novos ecossistemas produtivos de pastagem. Assistiu-se à substituição de grande parte das áreas com pastagens semi-naturais por pastagens melhoradas intensivas, com um valor nutritivo muito mais elevado. Este aspeto aliado à introdução de espécies exóticas (Cryptomeria japonica - criptoméria para produção florestal, Pittosporum undulatum - incenso para sebes e Hedychium gardneranum – conteira para ornamentação) contribuiu para a diminuição progressiva do tamanho das manchas naturais que estão reduzidas sobretudo a áreas de média e grande altitude, com solos de capacidade limitada, de difícil acesso ou a áreas de baixa altitude sob grande pressão das atividades humanas recentes.
Podemos dizer que desde o povoamento até a atualidade o processo de transformação do meio natural foi de tal modo intenso que o coberto vegetal original sofreu uma redução bastante acentuada. Quase 600 anos após a descoberta dos Açores as ilhas apresentam uma paisagem que reflete a ação do Homem, refletindo cada uma das nove ilhas “uma história singular, resultado de padrões de uso do solo também particulares.”.
Contudo, apesar da vegetação natural se encontrar grandemente alterada e do coberto vegetal atual dominante ser a pastagem, é possível encontrar na maioria das ilhas ainda algumas áreas naturais com valor patrimonial elevado, a maior parte protegida pelos Parques Naturais de Ilha que integram a Rede NATURA 2000.
Importa referir que, embora estas áreas classificadas tenham sido criadas com o objetivo principal de proteger e preservar os recursos naturais, devem ser vistas como podendo ser um importante instrumento para influenciar positivamente o desenvolvimento de atividades que geram benefícios económicos. Desta forma, elas podem e devem ser consideradas como elementos ativos na economia e importantes em processos de desenvolvimento de estratégias, de modo sustentável, ao nível regional e/ou local.