As unidades de I&D acreditadas pela FCT consideradas com fazendo parte do Sistema Científico e Tecnológico Regional (SCTR), constituem ou integram instituições públicas ou privadas de I&D com sede principal na RAA, incluindo instituições do ensino superior universitário, sendo acreditadas pela FCT no sistema científico e tecnológico nacional mediante um processo externo de avaliação.

Unidades de I&D acreditadas pela FCT que integram o SCTR:

• Centro de Biotecnologia dos Açores (CBA/UA)
• Centro de Estudos e Economia Aplicada do Atlântico (CEEAplA)
• Centro de Investigação de Recursos Naturais (CIRN/UA)
• Centro de Investigação e Tecnologias Agrárias dos Açores (CITA-A/UA)
• Centro IMAR da Universidade dos Açores (IMAR-DOP/Uaç)
• Centro de Vulcanologia e Avaliação de Riscos Geológicos (CVARG/UA)