Um dos primeiros passos levados a cabo no terreno, foi a remoção dos inúmeros resíduos poluentes. Das explorações agrícolas adquiridas foram removidas várias toneladas de resíduos de diversos tipos, desde os abundantes plásticos das silagens e embalagens de produtos fitofarmacêuticos, a óleos e químicos, a arame farpado e sucata. O estado de degradação ecológico e estético era tal que foram encontradas dezenas de pneus no interior das linhas de água e por vezes até viaturas inteiras. Houve uma separação dos resíduos por diferentes classes de perigosidade e o seu posterior encaminhamento para reciclagem e tratamento nos respetivos centros de resíduos.

A limpeza das áreas foi possível com a imprescindível ajuda dos militares da Zona Militar dos Açores que contribuíram na maioria das ações de implementação do Plano de Ordenamento da Bacia Hidrográfica da Lagoa das Furnas.